O Programa de Pós-Graduação em Educação Ambiental conta com vários núcleos de pesquisa e extensão, já estruturados e com os respectivos trabalhos já consolidados, proporcionando não só suporte às pesquisas desenvolvidas no âmbito do Curso, mas também se constituindo em espaços de interação e experiências aos alunos da pós-graduação e mesmo da graduação. Abaixo, estão relacionados e caracterizados os mencionados laboratórios, centros e núcleos:

1) Laboratório de Estudos e Processos Socioambientais e Produção Coletiva de Saúde (LAMSA) - tem como preocupação a produção de saúde e atenção primária ambiental. É coordenado pela Profª. Drª. Marta Regina Cezar Vaz;


2) Centro de Educação Ambiental, Ciências e Matemática (CEAMECIM) - coordenado pela Prof. Drª Paula Regina Costa Ribeiro e pela Profª. Drª. Débora Pereira Laurino. Esse Laboratório ocupa um pavilhão equipado com recursos didáticos e audiovisuais, com uma central de empréstimo com acervo de cerca de 5000 (cinco mil) livros, 3.000 (três mil) revistas, 200 (duzentos) filmes e 50 (cinquenta) slides;


3) Núcleo de Estudos e Pesquisas da Complexidade congrega professores e alunos da pós-graduação e da graduação de diferentes departamentos da FURG, bem como docentes e discentes das redes de ensino do município e da região, voltados ao estudo, pesquisa e extensão a partir do debate e das contribuições que o paradigma da complexidade traz com as suas metodologias e enfoques múltiplos da realidade. Oportuniza um encontro marcado pela sensibilidade transdisciplinar na formação permanente, crítica e transformadora do real e na perspectiva de uma educação inclusiva, problematizadora, na qual o conhecimento se realiza em um comprometimento mútuo com a ética e o respeito pela vida como um todo. Coordenado pelo Prof. Dr. Humberto Calloni, em colaboração com o grupo de pesquisadores do pensamento complexo da UFRGS;


4) Núcleo de Pesquisa Política, Natureza e Cidade - O grupo de pesquisa, vinculado ao IE/PPGEA constitui-se de diferentes pesquisadores envolvidos em temas relacionados às ciências ambientais (educação ambiental, políticas e formação de professores. É coordenado pelo Prof. Dr. Carlos Machado. Desenvolve atividades educativas, de pesquisa e de extensão relacionadas aos temas bem como promove paletras, cursos, orientações e publicações sobre a temática. Nos últimos anos vêm ampliando suas relações com pesquisadores cubanos (Universidad de las Villas e Cienfuegos) e uruguaios (Universidad de La República).