O Mestrado em Educação Ambiental – MEA - nasceu da percepção da importância da educação ambiental para fazer face à atual crise socioambiental brasileira e mundial, facilitada pela filosofia que a FURG já havia definido para si nos anos 70, e pela experiência acumulada no ensino de pós-graduação lato sensu pelo então Departamento de Educação e Ciências do Comportamento - DECC (atual Instituto de Educação - IE).

Foi assim que, em 1993, articulou-se um grupo pluridisciplinar de docentes (lotados no DECC, nos Departamentos de Oceanologia e de Física) que, depois de conversa com o Reitor da época, resolveram dar início ao processo de organização do MEA, criando uma Comissão, da qual o Prof. Dr. Sirio Velasquez foi eleito coordenador.

Uma vez montada, a proposta foi encaminhada aos Conselhos Superiores da FURG e, após aprovada por estes, foi enviada ao MEC.

Organizou-se, então, a primeira seleção de alunos, constando o processo seletivo de uma prova escrita, análise de pré-projeto de dissertação e entrevista. A prova escrita, baseada em bibliografia previamente indicada, constava de três perguntas relativas às três áreas seguintes: Fundamentos Filosóficos da Educação Ambiental, Fundamentos da Ecologia e Teoria Pedagógica. Nesse processo, cinco alunos foram selecionados.

A resposta recebida do MEC recomendava a abertura de um curso de especialização, tendo em vista a falta de experiência do Brasil na área da Educação Ambiental. A Comissão organizadora do MEA  decidiu manter o Curso no nível de Mestrado. Esta foi transformada em Comissão de Curso e o apoio concreto da Reitoria traduziu-se em fornecer uma sala de aula para uso exclusivo do MEA.

A aula inaugural do MEA ocorreu em 5 de setembro de 1994, com palestra ministrada pelo Prof. Dr. Sirio Velasquez.